[제58회 인코세미나] CLC 활용 꿀팁시리즈 II - Oxford nanopore 데이터 분석
Genomics Workbench
QIAGEN
난이도
중급
수강기간
상시공개
준비사항
개인 필기구, 노트, 기타 개인 물품
강의 개요
CLC 활용 꿀팁시리즈 II - Oxford nanopore 데이터 분석
이번 강의에서는 CLC 꿀팁 두 번째 시리즈로 Oxford Nanopore 데이터를 활용한 미생물 유전체 de novo 분석과 16s 메타게놈 분석에 대한 방법을 소개하려고 합니다. 현재 Long read 데이터의 수요가 많아짐에 따라 CLC Genomics Workbench를 사용하여 Oxford Nanopore 데이터를 분석하는 방법과 전용 Long read 데이터 분석에 최적화된 전용 Plug in을 소개합니다.
강의 구성
다음과 같은 내용을 배울 수 있습니다.
사용 꿀팁 1 : Long read support 플러그인을 활용한 미생물 De novo 분석
Oxford Nanopore의 raw data를 활용하여 Long Read Support 플러그인을 사용한 De novo assembly로 Contig를 생성하는 과정을 알아보고 sequence의 Gene/CDS 부위를 예측한 이후 다양한 데이터베이스를 활용한 Functional annotation을 통해 결과물을 GenBank (.gbk, .FASTA) 형식으로 export하는 방법을 소개합니다.
사용 꿀팁 2 : Long read 16s 메타게놈 분석
Oxford Nanopore 플랫폼으로부터 생성된 16s 등의 target amplicon raw data를 다양한 데이터베이스를 활용하여 profiling하고 그룹별로 비교하여 분석하는 방법에 대해 소개합니다. "'Full Length 16s Metagenome'으로 불리는 이 분석 방법은 미생물 군집의 구성을 파악하고, 생물학적 및 환경적 요인이 미생물 다양성에 미치는 영향을 이해하는 데 중요한 기초를 제공합니다.
강의 특징
강의 특징을 소개해 드려요.
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튜토리얼, 기능소개, 케이스 스터디 등 다양한 콘텐츠 제공으로 연구자가 스스로 분석하고 인사이트를 얻을 수 있도록 지원합니다.
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강사소개
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